近年は、捕鯨の禁止、国際的な水産資源管理の流れ、そして最近の原油価格の高騰により、遠洋漁業で採算のとれる魚種は限られてきている。また、漁獲高の減少、国別の遠洋漁業用の保有船数の割り当ての開始、日本食の国際的普及により、対象魚種の市場価格の高騰が起きて、日本の遠洋漁業が日本のためだけの遠洋漁業ではなくなりつつある。また、自然保護団体からの批判も受けるようになって、遠洋漁業は、沿岸漁業や沖合漁業とは異なり、単に「遠い海で操業する漁業」から、国際市場や国際情勢と連関した「国際漁業」となってきている。
なお、日本の遠洋漁業では、給料が安くて済む外国人船員の雇用によるコスト削減が進み、一方で、遠洋漁業のノウハウのある船長や漁労長が外国遠洋漁業船にヘッドハンティングされるなど、人材も国際化が激しい。
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農林水産省の漁業・養殖業生産統計年報によると、遠洋漁業の漁獲量は2000年の91万7000トンから2004年の68万6000トンまで急激に下がっている。2004年時点では2000年の75%までさがった。ただし、沖合漁業（69%に減少）や沿岸漁業（81%に減少）と比較すると、とくに遠洋漁業だけが衰退しているのではないことがわかる。
遠洋漁業と沖合漁業の不振は全魚種別で、最大の漁獲高となっているマイワシが66万1000トン（2000年）から5万トン（2004年）に急減したことが大きい。マイワシは1986年に104万トンの最高漁獲高を記録した後、減少する一方である。
日本における漁船の隻数は34万3411隻（2004年、農林水産省）である。遠洋漁業に分類される漁法は、ほとんど100トン以上の漁船を用いて行われており、100トン以上の漁船は全体の1％にも満たない。