* 現在のところ原因は不明である。
* 事故、外科手術、自己免疫疾患、歯科治療、肉体的又は精神的ストレス、PTSD、妊娠・出産、ウイルス感染、化学物質過敏症、子宮内膜症、風邪、など多様な「痛み」がきっかけ（原因ではなく要因）で発症しているのではないかと言われる。
* アメリカでは中枢神経系及び末梢神経系の機能異常ではないかと考えられている。
* 中枢神経の異常によって痛みの回路が変わり痛みを増幅させている。
* 脊髄内の末梢からの痛みの伝達を抑制する仕組みがストレス等により機能低下するとの説。
* 強い痛みが続くと、中枢神経細胞内に遺伝子が発現し、タンパクが生成されることが実験で証明されている。
* 脳の神経細胞（ニューロン）が電気信号を使って情報伝達する時に何らかの異常が起こる。
* 神経細胞の遺伝子が変異して書き換えられるという説もある。
* 細胞の器質的（眼に見える病変）問題でなく、機能的（細胞の働きや活動に異常）問題であるとの説。
* 遺伝的な要因やなんらかの免疫異常がかかわっているとも言われている。
* 自己免疫疾患から発する場合も単一抗体は確定していない。
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